Le président de la République vient de nommer Marie-Hélène Aubert, inspectrice générale de l'administration du développement durable, présidente du conseil d'administration de l'agence. Elle succède à Mauricette Steinfelder qui a pris sa retraite. Conseillère régionale du centre de 1992 à 1998, députée de la 4ème circonscription d'Eure-et-Loir de 1997 à 2002, Marie-Hélène Aubert a été vice-présidente de l'Assemblée nationale de 2001 à 2002, membre de la Commission des Affaires étrangères. En 2004, elle est élue au Parlement européen. En 2012, elle rejoint le cabinet de l’Élysée lors de la présidence de François Hollande, en tant que conseillère pour les négociations internationales climat et environnement du président de la République. Elle a eu notamment en charge la préparation de la COP21. En mai 2016, elle est nommée inspectrice générale de l'administration.
Le conseil d’administration de l’agence de l’eau est composé de 35 membres : 11 représentants des collectivités territoriales, 11 représentants des usagers de l’eau et 11 représentants des services de l’État, un représentant du personnel de l’agence de l’eau et le président, nommé par décret du président de la République. Les administrateurs qui représentent les collectivités et les usagers sont élus par leurs pairs au sein du comité de bassin Loire-Bretagne. "Parlement de l’eau", le comité de bassin compte 190 membres ; on président, Joël Pélicot, a été élu le 10 juillet 2014.