Le contrôle institutionnel se matérialise essentiellement par la mise en place d'un nouveau découpage territorial : les associations syndicales hydrauliques. Elles regroupent, hors du cadre administratif communal, tous les riverains d'un bassin hydraulique, ceux d'un réseau d'endiguement contre les crues, ou de canalisation.
Cette nouvelle territorialisation créée sous la Révolution, était destinée à l'origine à donner un cadre légal au regroupement communautaire des usagers des eaux ; elle sera reprise avec d'autres objectifs dans les années 1830 par les sociétés d'agriculteurs et les agronomes. Elle est soutenue par la bourgeoisie foncière car elle permet aux notables locaux et aux grands propriétaires d'imposer des aménagements à leurs métayers ou aux petits propriétaires. Elle est utilisée par les ingénieurs des Ponts et Chaussées, responsables des services hydrauliques, car elle conforte leur monopole d'expertise sur les eaux non domaniales.
Cette forme d'organisation est donc promue par un milieu social et un corps administratif. Mais elle a aussi pour fondement le contexte intellectuel de la période marquée par un désir "de pérennité" ; le souhait d'un découpage administratif qui soit moins arbitraire que celui hérité de la Révolution qui en est une manifestation. Les experts prônent donc le retour à des divisions naturelles qu'ils estiment plus pérennes. Ainsi la réalité "naturelle" du réseau des ruisseaux et des rivières s'impose sur l'unité juridique et le patriotisme municipal. Ces idées sont à mettre en parallèle avec la naissance, à la même époque (1830-40), de la notion de "pays" développée par les géologues départementaux.
Le développement du nombre d'associations syndicales des années 1840-1880 s'inscrit dans cet esprit.
Au début du Second Empire la situation est donc paradoxale car les logiques d'action des acteurs semblent contradictoires : d'une part volonté de fractionnement et d'autonomisation institutionnelle de chaque usage utile des eaux courantes, d'autre part désir de reconstituer la division naturelle du bassin hydraulique ou du réseau, c'est-à-dire de retrouver la complémentarité et le lien entre usagers.